一.两者默认存储引擎的默认数据结构

MySQL 中使用 B+ 树是因为 B+ 树只有叶节点会存储数据，将树中的每一个叶节点通过指针连接起来就能实现顺序遍历，而遍历数据在关系型数据库中非常常见，所以这么选择是完全没有问题的。

MongoDB默认是B树，MySQL默认是B+树。为什么这样选择，是因为两者的使用场景不同。一般MongoDB查单条数据的情景比较多，使用B树作为索引底层数据结构，因为索引节点可以存储数据，所以就不需要去叶子节点获取数据了。所以查询一条数据所需要的平均随机 IO 次数会比 B+ 树少，使用 B 树的 MongoDB 在类似场景中的查询速度就会比 MySQL 快。

二.两者速度比较

1.针对写入操作

MongoDB的写入速度更快。写操作MongoDB比传统数据库快的根本原因是Mongo使用的内存映射技术 － 写入数据时候只要在内存里完成就可以返回给应用程序，这样并发量自然就很高。而保存到硬体的操作则在后台异步完成。注意MongoDB在2.4就已经是默认安全写了（具体实现在驱动程序里）

2.针对读取操作

先说结论：如果是针对等值查询（如=1），MongoDB会更快一些。但针对范围查询，则MySQL更快一些。

读操作MongoDB快的原因是：
1）MongoDB的设计要求你常用的数据（working set)可以在内存里装下。这样大部分操作只需要读内存，自然很快。
2）文档性模式设计一般会是的你所需要的数据都相对集中在一起（内存或硬盘），大家知道硬盘读写耗时最多是随机读写所产生的磁头定位时间，数据集中在一起则减少了关系性数据库需要从各个地方去把数据找过来（然后Join）所耗费的随机读时间