MIMIC-IV-v2.0安装教程
MIMIC-IV-v2.0安装教程
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更多关于mimic数据库的知识,欢迎大家关注我的公众号:科研杂录
一、获取数据库安装代码
目前官方Github还未更新MIMIC-IV-2.0数据库安装代码,很多小伙伴获取数据后不知如何安装。小编根据官方1.0的代码与2.0的更新内容修改了一份2.0版本的代码,在公众号“科研杂录”后台回复“mimic-iv-v2”即可免费获取。
二、安装7-zip、Postgresql和Navicat
如果安装过这几个软件的就可以忽略该步骤。不知道如何安装7-zip、Postgresql和Navicat的小伙伴可以参考小编之前的文章
三、安装MIMIC-IV-2.0数据库
1. 打开SQL Shell
连续回车四下,输入密码
2. 新建数据库
注意:如果之前安装过MIMICIV-1.0的同学,一定要新建一个不同于之前1.0名称的数据库,比如我之前的数据库名叫做mimiciv,那么我这次新建一个mimiciv2,否则会把原来1.0的数据覆盖!
create database mimiciv2 owner postgres;
3. 进入数据库
\c mimiciv2;
4. 设置2.0文件所在路径
注意:所下载的文件需要和官方一样,存在于hosp和icu文件夹下,这里注意不要解压(解压容易丢失数据),保持原来的.gz格式。没有数据的小伙伴可以联系小编。
与1.0一样,根据文件所在路径进行设置,注意斜杠的问题
# 根据实际情况修改路径
\set mimic_data_dir '.../.../mimic-iv-2.0'
# windows最好设置一下编码,也可以尝试不设置
\encoding 'utf8'
5. 运行安装代码
# 创建表,注意修改文件路径,运行时有乱码不用管
\i .../build_mimiciv-2.0/create.sql
\i .../build_mimiciv-2.0/load_7z.sql
大家熟悉的copy页面来了,还是和之前一样,如果30分钟copy没有新增,那么按下回车然后继续等待,等到29个copy完成,出现mimiciv2字样,数据便导入完成了,最后一步安装完索引即可。
# 安装索引
\i .../build_mimiciv-2.0/index.sql
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