方法一：（亲测可以）

开机进入虚拟机
sudo vmware-toolbox-cmd disk list  #查看
sudo vmware-toolbox-cmd disk shrink /  #压缩

方法二：

1. 打开虚拟机 如果是ubuntu
2. sudo apt-get clean 清除残留的安装包 (可以不执行此步) 
3. sudo dd if=/dev/zero of=/0bits bs=20M（将碎片空间填充上0，结束的时候会提示磁盘空间不足，忽略即可）
4. sudo rm  /0bits（删除第二步的填充，如果用df -h 会发现可用的虚拟空间增加许多，但是实际的磁盘空间没有缩减）
5. 关闭虚拟机，在windows命令行里执行vmware-vdiskmanager.exe（这个在VMware player里好像没有）
6. 打开cmd ，用cd命令进入到你的vmware安装文件夹，如D:\VMware\VMware Workstation，也可以在这个文件夹里“shift+鼠标右键 -> powershell”打开命令窗口； 
7. 然后执行:.\vmware-vdiskmanager.exe -k (你的虚拟机磁盘路径,比如:"E:\Ubuntu_x64\Ubuntu 64.vmdk")
注意：如果路径有空格，必须用双引号引起来。命令执行过程可能有点长

附：
虚拟机存储文件的合并与拆分

1.合并
	vmware-vdiskmanager.exe -r "D:\ubuntu16.04\ubuntu16.04.vmdk" -t 0 "D:\ubuntu16.04-new\ubuntu16.04-new.vmdk"
2. 拆分
	vmware-vdiskmanager.exe -r "D:\ubuntu16.04\ubuntu16.04.vmdk" -t 1 "D:\ubuntu16.04-new\ubuntu16.04-new.vmdk"