我这里是配置的双数据源，其中一个是sqlite，一个是Oracle，如果你只使用sqlite一个数据库，那就只需要修改一下数据源配置，直接像使用mysql的那样使用就可以。
先导包：

<dependency>
    <groupId>org.xerial</groupId>
    <artifactId>sqlite-jdbc</artifactId>
    <version>3.21.0.1</version>
</dependency>

数据源配置：

spring.datasource.second.jdbc-url=jdbc:sqlite:D:/360MoveData/Users/Desktop/amon.db
spring.datasource.second.username=
spring.datasource.second.password=
spring.datasource.second.driver-class-name=org.sqlite.JDBC
spring.datasource.second.type=com.alibaba.druid.pool.DruidDataSource

直接把sqlite的文件放在目录下就可以，用户名和密码空着就行
配置sqlite数据源:

@Configuration
@MapperScan(basePackages={"com.kafka.dao.sqlite"}, sqlSessionFactoryRef="secondSqlSessionFactory")
public class SecondDataSourceConfig implements Serializable
{
    private static final long serialVersionUID = 1L;

    @Primary
    @Bean(name={"secondDataSource"})
    @ConfigurationProperties("spring.datasource.second")
    public DataSource masterDataSource()
    {
        return DataSourceBuilder.create().build();
    }

    @Bean(name={"secondSqlSessionFactory"})
    public SqlSessionFactory sqlSessionFactory(@Qualifier("secondDataSource") DataSource dataSource)
            throws Exception
    {
        SqlSessionFactoryBean sessionFactoryBean = new SqlSessionFactoryBean();
        sessionFactoryBean.setDataSource(dataSource);
        sessionFactoryBean.setMapperLocations(new PathMatchingResourcePatternResolver()
                .getResources("classpath:mapper/sqlite/*.xml"));
        sessionFactoryBean.setConfigLocation(new PathMatchingResourcePatternResolver()
                .getResources("classpath:mapper/mybatis-config.xml")[0]);
        return sessionFactoryBean.getObject();
    }
}

像使用mysql一样，xml里写SQL就可以