在Java开发中，通常会使用MVC（Model-View-Controller）架构来组织代码。在这个架构中，controller和server以及mapper模块起着不同的作用。

Controller：
Controller是MVC架构中的控制器层，负责接收用户请求，处理请求，并将请求结果返回给用户。它是用户与系统交互的主要入口，主要负责业务逻辑的处理。Controller通过接收和处理不同的请求来获取参数，并调用server层（或其他服务）来处理业务逻辑。处理结果可以是一个页面、一个HTTP响应、一个JSON对象等。

Server：
Server是MVC架构中的服务层，负责处理业务逻辑。它接收来自Controller的请求，处理数据（通过mapper或其他数据访问层），并返回处理结果给Controller。Server层主要包括业务逻辑的处理和数据的组装。它通常调用mapper来读写数据库，或者调用其他服务来完成特定的业务需求。

Mapper：
Mapper是MVC架构中的数据访问层，负责数据的读取、写入和映射等操作。它与数据库交互，提供数据访问的接口。Mapper一般使用数据库操作相关的工具（如MyBatis、Hibernate等），通过SQL语句或对象关系映射（ORM）技术来实现数据的增删改查操作。Mapper将数据从数据库中读取出来，并将其转化为Controller或Server可以使用的数据结构。

综上所述，Controller负责接收用户请求，并通过调用Server层来处理业务逻辑，最终将结果返回给用户；Server层负责处理业务逻辑，并调用Mapper来读写数据库；Mapper负责数据的读取、写入和映射等操作。这样的架构可以使代码逻辑清晰，各层之间的职责分离，提高代码的可维护性和可扩展性。