nii数据的各种处理详解
Nifti数据本身是除了矩阵信息(也就是图像信息之外),还有和物理坐标相关的仿射矩阵以及Header头文件信息,但是nibabel的获取数据的方法get_data()把nii数据转成png格式会损失很多信息,因为png格式图像的灰度值有256阶, 因此直接使用nii的医学图像做输入会更好一点。但是Pythorch中的Dataloader是不能直接读取nii图像的,因此加一个CreateNiiDat
1 NIFTI格式图像
.nii文件是NIFTI(Neuroimaging Informatics Technology Initiative)格式的文件。Nifti数据本身是除了矩阵信息(也就是图像信息之外),还有和物理坐标相关的仿射矩阵以及Header头文件信息.
把nii数据转成png格式会损失很多信息,因为png格式图像的灰度值有256阶, 因此直接使用nii的医学图像做输入会更好一点。但是Pythorch中的Dataloader是不能直接读取nii图像的,因此加一个CreateNiiDataset的类。
pytorch中读取数据的主要途径——Dataset类。在自己构建数据层时都要基于这个类,类似于C++中的虚基类。根据自己的需要编写CreateNiiDataset子类。
2 使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作
1)简单的图像读取和存储操作:
注意:不能直接对图像image进行取切片操作
2)将nii格式图像存为npy格式的示例:3 使用SimpleITK读取NII格式三维图像
Python中SimpleITK被广泛用于医学图像的处理任务中,功能非常强大,图像读取时一定要注意维度。
读取NII格式的图像
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