1. CXXABI… not found
    （1）strings /xxx/libstdc++.so.6 |grep CXXABI 先查看一下是否有你需要的版本
    （2）从系统的库里查看是否有高版本的 libstdc++.so.6.xx ，一般是在/usr/lib64里
    （3）将高版本的重新链接 ln -s libstdc++.so.6 libstdc++.so.6.xx 注意替换xx为你需要的版本
    （4）在 module load conda 时，可能没有加载 conda/lib ，手动添加 LD_LIBRARY_PATH 即可

  2. git ’ ’ … 时提示too many argument
    问题的原因是有些系统内的git版本太低，无法识别新的参数，如果不是自己的电脑只能从别的地方下载好需要的包再上传（太坑爹了）

  3. 对‘H5Aopen’未定义的引用，等等
    添加-L/path/to/hdf5/lib -lhdf5

  4. 对‘cblas_sgemv’未定义的引用，等等
    添加-L/path/to/lapack/lib -lcblas

  5. 对‘sgemv_’未定义的引用，等等
    添加-L/path/to/lapack/lib -lblas

  6. 对‘_gfortran_st_write’未定义的引用，等等
    添加 -lgfortran

  7. miniconda3 创建环境命令
    conda create -n env_name -f env_file
    网上很多教程还停留在老版本，使用 conda env create …

  8. conda 安装 basemap
    conda install basemap 时会安装matplotlib 3.0.0，此时在 python 中使用 from mpl_toolkits.basemap import Basemap 会报错 ImportError: cannot import name ‘is_scalar’ ，需要用 pip 将 matplotlib 3.0.0卸载，安装 matplotlib 2.2.0（可能会有别的包冲突）

  9. undefined reference to `for_write_seq_fmt’
    添加编译选项 -lifcore

  10. lapack 提示错误 undefined reference to `dcopy_’ 等等
    在 -llapack 后添加编译选项 -lblas

  11. 运行软件时提示 /lib64/libc.so.6: version GLIBC_2.14’ not found ，原因是 libc 版本太低，但是因为是在系统层面不方便升级，以下操作强烈建议在 conda 虚拟环境中使用
    patchelf --set-interpreter /new/path/to/glibc.so.6 /path/to/execute/file
    或者
    patchelf --set-rpath /new/path/to/glibc.so.6 /path/to/library/file

  12. Fortran 编译错误
    Type mismatch between actual argument at (1) and actual argument at (2) (REAL(4)/REAL(8)).
    其实该错误并不影响程序的运行，在编译选项中添加 -fallow-argument-mismatch 即可跳过（亲测有些无法跳过）

  13. Fortran 编译器 mpif90 错误，版本 gcc 10.0.2
    Rank mismatch between actual argument at (1) and actual argument at (2) (scalar and rank-1)
    原因：编译器版本太高
    解决办法：https://gcc.gnu.org/gcc-10/porting_to.html
    添加编译选项 -fallow-argument-mismatch

  14. C 编译器 mpicc 错误
    error: Could not compile a test program with AVX512, adjust the C compiler or CFLAGS
    解决办法：添加编译选项 CFLAGS=-march=sandybridge 或者 -march=haswell ，march=knl

  15. 安装 libint 时遇到 gmpxx.h 缺失，明明安装 gcc 的时候已经安装了 gmp 为什么不行呢？
    原因：安装 gmp 时没有支持 cxx
    解决办法：安装 gmp 时，./configure --enable-cxx --prefix…
    如果你是非 root 用户，在自己账号下安装一份也是可以用的

  16. X11 库缺失
    建议使用 conda 安装

conda install -c conda-forge xorg-libx11
  1. X11 库在调用时提示缺少 XauGetBestAuthByAddr 等函数，或者是提示找不到 libxau.so
    依然使用 conda 安装
conda install -c conda-forge xorg-libxau

  1. 编译 lapack 时如果使用 mpiifort ，可能会出现错误 ：second_INT_ETIME.f(53): error #6407: This symbolic name is not an intrinsic function name or an intrinsic subroutine name.
    解决办法：在 make.inc 中设置 TIMER = INT_CPU_TIME

  2. perl “bsd_glob” is not defined in %File::Glob::EXPORT_TAGS
    原因：bsd_glob 是 perl 5.10几以后的语法，需要升级
    解决办法： 安装更高版本的perl，例如 perl 5.28

  3. Perl 出错 Can’t locate XML/LibXML.pm in @INC
    原因：新安装的 perl 没有 xml 模块
    解决办法：cpan -i XML::LibXML

  4. 无法识别的命令行选项“-fstack-protector-strong”
    原因：gcc 版本过低
    解决办法：需要更高版本的 gcc ，例如 gcc 5.4.0

  5. 编译时 error #6580: Name in only-list does not exist. [MPI_INFO_NULL] use mpi, only : MPI_COMM_NULL, MPI_INFO_NULL ! _EXTERNAL
    原因： icc 编译器版本过低
    解决办法：使用高版本的 icc ，例如 intel 2017 编译器

  6. python GLIBC 2.14 缺少

patchelf --set-interpreter /path/to/glibc-2.14/lib/ld-linux-x86-64.so.2 /path/to/python

  1. gcc、g++ 在编译时出现 cannot find ‘ld’
    原因：系统里的 binutils 版本太低了
    解决办法：

    1）如果是远程服务器，确保你的系统里的有 conda 环境 ，然后直接 conda install binutils 即可
    2）如果是你的个人电脑，可以使用 yum 或者 apt-get 安装

  2. 使用 gcc 10 + openmpi 进行编译时出现：Type mismatch between actual argument at (1) and actual argument at (2) (INTEGER(4)/LOGICAL(4)).
    原因：gcc 版本太高
    解决办法：不需要更换编译器，而是在编译选项 FFLAGS 和 FCFLAGES 中添加 “-w -fallow-argument-mismatch -O2” 即可

  3. Error: no such instruction: `vpbroadcastw %xmm2,%xmm2’
    原因：avx2 的问题，有两种解决办法
    解决办法：1. 在编译选择中添加 -march=native （具体看你自己的机器配置），这种办法在编译软件时可能没有作用
    2.软件编译中一般在 configure 时有 avx2 的选项，关闭即可 （-no-avx2 / --disable-avx2）

  4. python 实用 mpi4py 提交到 slurm 上出现下述错误

python: error: Invalid user for SlurmUser slurmadmin, ignored
python: error: Invalid user for SlurmUser slurmadmin, ignored
python: error: plugin_load_from_file: dlopen(/xxxx/slurm-16.05.3/lib/slurm/auth_munge.so): libmunge.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory
python: error: Couldn't load specified plugin name for auth/munge: Dlopen of plugin file failed

原因：使用上述的 patchelf 给 python 添加 glibc 后出现，可能导致了依赖库加载出现错误
解决方法：conda 重新安装 python，如果其他用 pip 安装的库提示确实 GLIBC_2.14 可以尝试使用conda 安装

（conda 会自动解决依赖问题）

  1. intel 编译器链接 ioapi 库之后编译出错：
    undefined reference to `__kmpc_atomic_cmplx4_add’

    undefined reference to `omp_get_num_procs’

    等等 …

    原因：缺少数学库以及 openmp 库

    解决办法：在 intel 编译器中支持编译选项 -mkl ，在比较新的版本中可以直接使用-L{$MKLROOT}/lib/intel64 然后跟着 -mkl=cluster (并行) 或者 -mkl=sequential(串行)，即可

  2. ld提示 /usr/bin/ld: this linker was not configured to use sysroots
    原因：binutils 套件在配置时没有添加 --sysroot 选项
    解决办法：重新下载编译一个 binutils 套件

  3. undefined reference to `operator delete(void*, std::nothrow_t const&)’
    原因:缺少 stdc++ 编译选项
    解决办法：在软件编译的命令中添加 -lstdc++

  4. sorry - this program has been built without plugin support
    原因：在链接最后的静态库时出现该错误，经过排查后发现最后链接库文件时使用的是 gcc-ar ，暂时也没找到具体原因
    解决办法：在编译时指定 AR=ar 即可

  5. undefined reference to `__ehdr_start’
    原因：binutils 版本小于 2.24.51.0.2
    解决方法：参考上面

  6. pgi 编译器出现 /tmp/nvfortranZVdkzTW_Ab0q.s:15493: Error: suffix or operands invalid for `vbroadcastsd
    原因：binutils 版本小于 2.2
    解决方法：参考上面

  7. gcc 安装时出现 error: #error “Where has __float128 gone?”
    原因：系统内 Intel 编译器的环境变量影响到了 gcc 的编译
    解决方法：unset C_INCLUDE_PATH ;unset CPATH

  8. R 安装包时出现 C++11 standard requested but CXX11 is not defined
    原因：R 的配置文件中没有定义 CXX11 变量
    解决方法：找到 R 的安装位置，进入 lib64/R/etc 目录，打开 Makeconf ，在 CXX11 = 后面添加上你的编译器（上面 CXX 的内容复制下来）-m64 ，类似 CXX11 = g++ -m64，以及在下面 CXX11PICFLAGS = 后面加上上面 CXXFLAGS 后面的内容，保存后重新安装即可

  9. git 报错 fatal: HTTP request failed
    原因：在网络没问题的情况下，先检查一下 git 版本是不是太低了
    解决方法：如果网络没问题的话直接升级更高版本的 git 即可解决问题

  10. 编译软件时出现 :

Error: suffix or operands invalid for `vpxor'
suffix or operands invalid for `vpshufb'
suffix or operands invalid for `vpaddd

原因：binutils 套件版本太低
解决办法：编译一个更新版本的 binutils 套件

  1. python 2.7 中出现 No module named _bsddb
    原因：python 2 版本历史遗留错误，具体原因可以参考链接
    解决办法：先使用 pip 安装 pip install bsddb3，然后在代码中将 import bsddb 改为新安装的 bsddb3，或者改为 import bsddb3 as bsddb

  2. automake 时出现错误：macro `AM_EXTRA_RECURSIVE_TARGETS’ not found in library
    原因：系统中自带的 automake 版本太低
    解决办法：手动安装一个新版本的 automake 或者使用 conda 安装

  3. 新版 intel 编译器报错：Catastrophic error: could not set locale “” to allow processing of multibyte characters
    原因：intel 编译器在低版本的系统中出现的 bug
    解决办法：在编译选项中添加 -no-multibyte-chars

41.error #5136: Illegal syntax for IMPLICIT NONE statement. IMPLICIT NONE (TYPE,EXTERNAL)

原因：intel mpi 不支持该种语法
解决办法：使用 sed 命令将这些 IMPLICIT NONE (TYPE,EXTERNAL) 语句全部注释

  1. error #6503: This keyword is invalid for this intrinsic procedure reference. [BACK]

原因：intel 2018 之前的版本不支持该语法
解决办法：切换到 intel 2018 或者更高的版本

  1. g++ 编译报错 ‘xxxx’ was not declared in this scope, and no declarations were found by argument-dependent lookup at the point of instantiation
    原因：一是编译器版本太新，二可能是语法有问题
    解决办法：添加 CPPFALGS = -fpermissive 可以忽略该错误，但后续使用软件时可能会出现一些问题

  2. 未完待续。。。。

# bug # linux # git
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