安装ANTs

今天在Ubuntu16.04中安装了ANTs，把其中的安装步骤记录下来供大家参考，还有其中遇到的一些问题及其解决方法也贴出来，供大家参考。

1.安装前准备

首先，需要下载ANTs的安装包，这里提供两种下载的方式，一种是git下载

git clone git://github.com/stnava/ANTs.git

另一种就是去官网上自己去下载，官网友好链接：http://stnava.github.io/ANTs/
如果是去官网下载的话，点击上面那个链接进去之后可以看到如下界面

点击Download .tar.gz下载压缩包

然后在页面上找到下图所示的这一行，点击Source-Code进入

进入之后可以看到

在上面，ANTs官方已经提供了很详细的安装步骤，其实按照官方给的这个安装步骤应该没问题啊，Really?事实上官方还是省略了一些步骤，且往下看！

2.安装ANTs步骤

1. 解压下载好的ANTs包，新建一个文件夹antsbin，这个文件夹其实建在哪里都可以，只要你能找得到。官方这里的安装步骤是将antsbin文件夹放在了外面，但是我不喜欢这样，既然都是一类的文件，最好还是放在一起，这样以后容易管理，因此我是在ANTs解压之后，在里面新建了antsbin文件夹。
2. cd antsbin
3. ccmake ../（/前面是两个点.） 这里敲黑板了，有些同学对ccmake可能不太熟悉，我在后面会介绍替代方法
4. 执行make -j 4

说明：
步骤很简单，针对其中可能会出现的问题做如下说明:
对于ccmake，可能有不熟悉的同学，我理解的是，它是相当于cmake gui的简化版本，没有cmake gui的可视化界面，但是相应的功能都是有的，比如config（c）和generate（g），通常安装ccmake的命令就是

sudo apt-get install ccmake-curses-gui

但是，据我实践所知，这里安装的cmake版本只有3.5.1，版本太低了！！！
因此，我还是很建议大家使用cmake源码安装，其实没有必要安装ccmake的，可以使用cmake gui代替

在下载好cmake源码之后，解压进入文件夹，执行

./boostrap

然后执行 （这里是安装cmake gui）

./configure --qt-gui

如果提示：CMake:Error at Source/QtDialog/CMakeLists.txt:28 (Message):Could not find a valid Qt installa
那么就说明缺少qt4，这里需要重新安装一下qt4

sudo apt-get install qt4*
sudo apt-get install qt4-default

这样就安装好了qt4，然后

make
make install

就装好了cmake和cmake-gui，在终端输入cmake-gui可以看到是可以用的

然后在gui中将source定位到ANTs目录下，将build定位到我们新建的antsbin文件夹下，然后点击config，然后再点击generate生成就好了
然后终端定位到antsbin下再执行

make -j5
sudo make install

如果一路没什么错误，就说明安装好了，但是现在还不能用，需要再配置一下才能用。

3.环境配置

将ANTs-build/Examples文件夹下的所有文件复制到staging/bin文件夹下
然后再将staging文件夹下的bin文件夹复制到antsbin文件夹下，然后开始配置环境

gedit ~/.bashrc

在里面写

export ANTSPATH=/home/username/ANTs/antsbin/bin/ 
export PATH=“$ANTSPATH:$PATH”

之后再souce ~/.bashrc，使之生效

至此，就完成了ANTs的安装工作，大家有什么疑问，欢迎留言，看到尽量给大家回复！

4.补充

如果在运行程序的过程中出现antsRegistrarionSyNQuich.sh: commond not find（未找到命令）

那么需要在安装ANTs目录下找到Script文件夹，将其中的antsRegistrarionSyNQuich.sh或者其它你可能用到的文件都放到antsbin/bin目录下，这样就可以在终端中找到这个文件了！