Gromacs 2021.5安装教程
GROMACS安装教程
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安装的版本是:2021.5
安装教程可以参考:https://manual.gromacs.org/documentation/2020/install-guide/index.html#quick-and-dirty-installation
下载:
wget --no-check-certificate https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2021.5.tar.gz
解压并进入目录:
tar xfz gromacs-2021.5.tar.gz
cd gromacs-2021.5/
创建build目录,并进入:
mkdir build
cd build
查找cuda的目录:
/usr/local/cuda-11.0
查找gcc路径:
/usr/local/bin/gcc
运行cmake命令:DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR参数填写cuda路径
sudo cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=GPU -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-11.0 -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/bin/gcc
注意:gcc版本不能大于10.0,同时cuda版本不建议是用11.0,使用11.3之类的,否则各种报错。
执行检查:
make
make check
安装:
sudo make install
激活:
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
输入:gxm,可以出现如下内容表示安装成功:
可以将gromacs添加到环境中,否则每一次打开新的terminal都需要:
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
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