遇到了Can’t locate Bio/SeqIO.pm in @INC，不能use Bio::SeqIO。极简解决依然是进行正确的@INC环境变量的设置

尝试了各种方法来解决：
一、
用如下命令安装bioperl，没有自动配置好路径，软件依然显示不能运行。

$ conda install -c bioconda perl-bioperl

二、也采用网上如下步骤用cpan安装bioperl，但是显示有些依赖不能编译成功。强行调用bioperl，不能成功。

Bioperl的简单安装
发表于 2013 年 11 月 18 日

按照Bioperl上介绍的方法在linux下安装Bioperl老是安不上，或者是安装上了，但不能用，上面介绍的几种方法都试了，全不行，后面自己想了个办法，就是利用cpan只对要用到的模块进行单独安装，简单适应，如果你和我碰到了同样的问题不妨试试。

0、用root用户登录，不然可能由于权限问题，安装不上去。

1、确定cpan能用。

perl -MCPAN -e shell
cpan>install Bundle::CPAN

2、升级cpan，保证安装的模块是最新的。

cpan>install Module::Build
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit

3、安装Bioperl最重要的模块SeqIO(该模块可以实现文件格式转换，计算序列长度，blast信息提取等)，中间会有些选项要求选择，一路回车采用默认的就行了。

cpan>install Bio::SeqIO

4、安装SeqFeature模块（序列特征信息的获取或解析）。

cpan>install Bio::SeqFeature

5、安装GenBank模块

cpan>install Bio::GenBank

6、安装AlignIO和AlignI模块（数据格式格式转换）。

cpan>install Bio::AlignIO
cpan>install Bio::AlignI

7、安装DNAstatistics模块（序列统计分析，进化距离计算）。

cpan>install Bio::DNAstatistics

**三、**在服务器中查找SeqIO.pm，发现多处有，都在Bio/文件夹下。cpan和conda都将SeqIO.pm装到了服务器。推测这个Bio/文件夹没有配置到@inc环境变量中。

$ find ./ -name "SeqIO.pm"

$ which perl   # 查找perl的路径。
$ perl -V #查perl的@inc的路径配置，没有Bio文件夹。

进行配置@inc环境，重要，不能少！

export PERL5LIB=$home/.cpan/build/BioPerl-1.6.924-0/Bio  # 本人的$home=home/data/vip34

再perl -wle 'print for @INC'或perl -e 'print join("\n",@INC)'，如下图，发现了@inc新环境路径

$ perldoc Bio::SeqIO

出现了如下喜人的信息，死马救活了！

不再是令人失望地出现No documentation found for "Bio::SeqIO"，bioperl安装成功！

最后再一劳永逸配置bioperl环境变量，就将如下语句加到~/.bashrc中。以后服务器启动，就自动加载了。

export PERL5LIB=$home/.cpan/build/BioPerl-1.6.924-0/Bio  # 本人的$home=home/data/vip34

后面的Bio::SeqFeature、Bio::GenBank、Bio::DNAstatistics和Bio::AlignI 如果调用也出现情况，如法炮制应当即可解决。