R 安装 Seurat的一些坑

安装SeuratDisk需要Seurat，curl等依赖包成功安装SeuratDisk的环境：r 4.0.3,python 3.7.11之前 r3.6.1安装失败，因为Seurat相关依赖包irlba安装失败R (≥ 3.6.2)最好先新建环境来安装先安装hdf5，conda install -c anaconda hdf5再安装Seurat相关依赖包‘irlba’, ‘SDMTools’, ‘p

shallow不秃头

9072人浏览 · 2022-02-12 16:59:41

shallow不秃头 · 2022-02-12 16:59:41 发布

安装SeuratDisk需要Seurat，curl等依赖包
成功安装SeuratDisk的环境：r 4.0.3,python 3.7.11
之前 r3.6.1安装失败，因为Seurat相关依赖包irlba安装失败R (≥ 3.6.2)

最好先新建环境来安装
先安装hdf5，conda install -c anaconda hdf5
再安装Seurat相关依赖包‘irlba’, ‘SDMTools’, ‘plotly’, ‘Hmisc’, ‘metap’

conda install -c anaconda hdf5
install.packages('Seurat') # 失败
install.packages("stringi")
conda install -c conda-forge curl
install.packages('stringr')
install.packages('reshape2')
conda install -c anaconda libcurl
conda install -c conda-forge r-curl
install.packages("Seurat") # 失败
install.packages("SeuratObject")
install.packages('ploty')
install.packages('Seurat')
remotes::install_github("mojaveazure/seurat-disk")