下载bwa对比软件：https://github.com/lh3/bwa

 得到bwa-master.zip，然后进入保存该文件的目录，用命令unzip bwa-master.zip对其解压

rm -rf bwa-master.zip将zip文件删除，进入到bwa-master中，输入命令make

输入./bwa  可以查看帮助信息

配置bwa的环境变量：

① nano ~/.bash_profile    #设置一些环境变量，设置完后按ctrl+x 、yes和tab

然后输入以下代码设置环境变量：

export PATH=$PATH: /where/to/install/bin

source ~/.bash_profile     #在命令行输入，意思为保存文件

如果遇到  bash: ./xx: Permission denied  解决方法，即输入以下代码：

sudo chmod 777 ~/.bash_profile 

② vim  /etc/profile    #另一种设置环境变量的方式

export PATH=/home/zach/bwa:$PATH   #输入环境变量，ctrl+x

source /etc/profile    #保存

下载samtools的命令：

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.10/samtools-1.10.tar.bz2

tar -jxvf samtools-1.10.tar.bz2     #解压安装samtools-1.10

cd samtools-1.10    #进入samtools-1.10目录

./configure --prefix=/where/to/install        #等号后面更改为你想要安装samtools的路径。

cd ./samtools     #进入目录./samtools

export PATH=/home/zach/samtools/to/install/bin:$PATH >> ~/.bashrc   #设置samtools的环境变量

source ~/.bashrc    #保存

 

for i in *.sam

samtools import genome.fa $i $i.bam
samtools sort $i.bam -o $i.bam.sorted.bam

samtools index $i.bam.sorted.bam
done

        

（以下的过程都发生在安装bwa的目录下，因为不知道怎么在数据的目录下运行命令，因此将数据和参考基因组都copy到bwa目录下运行）

1）建立索引

bwa软件的作用是将序列比对到参考基因组上，在比对之前，首先需要对参考基因组建立索引，命令如下：

bwa index genome.fa     #建立索引，genome.fa为你的参考基因组文件名

得到：

(base) [root@localhost bwa-master]# bwa index genome.fa
[bwa_index] Pack FASTA... 0.34 sec
[bwa_index] Construct BWT for the packed sequence...
[BWTIncCreate] textLength=59246464, availableWord=16168340
[BWTIncConstructFromPacked] 10 iterations done. 26669680 characters processed.
[BWTIncConstructFromPacked] 20 iterations done. 49268176 characters processed.
[bwt_gen] Finished constructing BWT in 25 iterations.
[bwa_index] 19.05 seconds elapse.
[bwa_index] Update BWT... 0.24 sec
[bwa_index] Pack forward-only FASTA... 0.20 sec
[bwa_index] Construct SA from BWT and Occ... 12.55 sec
[main] Version: 0.7.17-r1198-dirty
[main] CMD: bwa index genome.fa
[main] Real time: 32.425 sec; CPU: 32.388 sec

# 双端合并序列，使用-p参数比对
for i in *gz
do
bwa mem -p genome.fa $i > ${i}.aln.sam 
done
 

2）两个文件分别处理，寻找输入reads文件的SA坐标（双端测序）

bwa aln genome.fa SUC1_1_1.fq.gz -l 30 -k 2 -t 4 -I > SUC1_1_1.fq.gz.sai

bwa aln genome.fa SUC1_1_2.fq.gz > SUC1_1_2.fq.sai     #命令行输入

得到：

(base) [root@localhost bwa-master]# bwa aln genome.fa SUC1_1_2.fq.gz > SUC1_1_2.fq.sai
[bwa_aln] 17bp reads: max_diff = 2
[bwa_aln] 38bp reads: max_diff = 3
[bwa_aln] 64bp reads: max_diff = 4
[bwa_aln] 93bp reads: max_diff = 5
[bwa_aln] 124bp reads: max_diff = 6
[bwa_aln] 157bp reads: max_diff = 7
[bwa_aln] 190bp reads: max_diff = 8
[bwa_aln] 225bp reads: max_diff = 9
[main] Version: 0.7.17-r1198-dirty
[main] CMD: bwa aln genome.fa SUC1_1_2.fq.gz
[main] Real time: 0.050 sec; CPU: 0.053 sec

3）进行比对，不同的比对算法，命令不同

3）将sam进行排序，并转换为bam文件

samtools sort SUC1_1.sam --output-fmt BAM -o SUC1_1.sort.bam
 

4）统计所有位点的测序深度

samtools depth –a SUC1_1.sort.bam > SUC1_1.depth

参考：

超实用！微生物重测序分析软件——bwa的使用 (sohu.com)

GitHub - samtools/samtools: Tools (written in C using htslib) for manipulating next-generation sequencing data