Getorganelle的安装配置与使用

Getorganelle是一款由郁文斌老师开发的一套全新的细胞器基因组组装工具，可以对大规模的细胞器基因组进行快速、准确及自动化组装。本文主要用于对本人在学习使用Getorganelle过程中的一些步骤记录，同时也方便自己下次使用时能更快的熟悉流程。另外，本文所列举的操作步骤只是我个人在使用过程中的操作，本文的内容也是根据自身情况做了一个学习链接中内容的整合，如果大家有需要可以直接看郁文斌老师的微

睡觉爱做梦²

11215人浏览 · 2022-02-07 23:06:36

睡觉爱做梦² · 2022-02-07 23:06:36 发布

【小白安装方法】

1.Miniconda的下载和安装

Miniconda是“迷你版”Anaconda，是一款基于Python环境的管理器，可以非常便捷地安装海量Anaconda或bioconda库中的软件包（下面我会附上一些常用的conda命令）。

安装Miniconda的前提下首先需要在Linux或者MacOs环境下，我这边是Linux环境。

1.1 Miniconda3 下载

官网地址：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html 如下图所示进行安装包对应链接的复制

复制完链接后：

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

1.2 Miniconda3 安装

sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

# 1) 出现选项时敲击“Enter”查看license agreement；

# 2）查看完license agreement后，需要输入“yes”表示接受才能继续；

# 3）需要确认安装路径，可以使用”Enter键”确认安装在根目录（建议不更改）；

# 4）经过1-2分钟安装完成后，需要同意安装器是否初始化miniconda，需要输入“yes”同意后，miniconda的“PATH”才能加入到~/.bashrc ；

# 5）source ~/.bashrc 配置到环境中方便调用。

在source之后可以使用命令 conda -V 查看Minconda3 的版本以用来检验是否安装并配置成功，也可以输入vim ~/.bashrc查看是否配置到环境中，配置成功则如下图

###常用conda命令：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/363904808 up主“凄凄惨惨戚戚”已经整理的很全面啦~

2.GetOrganelle的下载安装

# 1）首先在conda中创建一个环境

1   conda create -n getorganelle

效果图：

# 2）激活conda环境

2   conda activate getorganelle

# 3）在conda下载getorganelle

3   conda install getorganelle

效果图：

在下载过程中会为你罗列出需要下载的包以及一些附加的包，全部选择yes，自动下载安装就行，最终出现如下结果

全部完成后可以使用 conda info -e 来查看当前conda中有哪些环境，从下图看出getorganelle环境已经配置好了。

# 4）下载参考序列库，用于质体细胞器组装的参照，我以高等植物质体和线粒体基因组库为例：

4   get_organelle_config.py --add embplant_pt,embplant_mt

其他库如下：

get_organelle_config.py --add embplant_pt #配置高等植物质体基因组库

get_organelle_config.py --add embplant_mt #配置高等植物线粒体基因组库

get_organelle_config.py --add other_pt #配置其他植物质体基因组库

get_organelle_config.py --add fungus_mt #配置真菌线粒体基因组库

get_organelle_config.py --add animal_mt #配置动物线粒体基因组库

get_organelle_config.py --add embplant_nr #配置高等植物核糖体DNA库

get_organelle_config.py --add fungus_nr #配置真菌核糖体DNA库

效果图：

# 5）以郁文斌老师给的无油樟的叶绿体基因组的fastaq文件来查看Getorganelle是否安装成功

下载无油樟叶绿体基因组

#5   
wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.1.fq.gz

wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.2.fq.gz

# 6）输入组装命令，进行demo的运行

6   get_organelle_from_reads.py -1 Arabidopsis_simulated.1.fq.gz -2 Arabidopsis_simulated.2.fq.gz -F embplant_pt -o output -R 10 -t 1 -k 21,45,65,85,105

运行结束后会出现以下文件，命令ls之后所展示的，由此可看出getorganelle安装成功！！！