安装conda

为啥要安装conda呢？因为要安装软件，我们自己的服务器集群是我在读研究生之前就组好的，由于一些底层环境无法更新，主要还是要适配以前的一些软件，更新以后有可能会出现冲突，但是它又不能支持编译新的软件，这个冲突的解决就需要conda。conda可以自己创建一个软件环境，虽然有人说过会有污染自己以前软件库的嫌疑（比如这篇文章：http://www.bio-info-trainee.com/4030.html）。

废话不多说，开始安装

惯例哈，先上官网链接，miniconda官网链接：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html，先下载我们合适的版本，这里linux系统所以选用的版本是Linux installers下的Python 3.9 Miniconda3 Linux 64-bit这个，你可以自行下载然后上传压缩包或者利用wget下载

#下载文件
wget "https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh"
chmod 777 Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh
#此时便开始了安装，后续只需要按照提示进入下一步即可，最后会提示安装成功

conda镜像地址配置

conda镜像地址可以直接利用如下命令

#查看已经安装过的镜像源
conda config --show
#删除对应源的镜像地址
conda config --remove channels url地址
#设置搜索时显示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes
#确认是否安装镜像源成功
conda config --show#找到对应的channels代表安装成功

这些命令虽然很方便，但是还是会出现各种各样的问题，例如镜像源地址没有问题，但是我们要去下载软件时，可供安装的软件版本太老，或者有的channels连接不上等等问题。
这里给大家推荐直接去修改condarc镜像地址配置文件，更为方便。
这里以添加清华镜像源地址为例：
首先是清华大学开源软件镜像站：https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

#打开文件
vi ~/.condarc
#只需要讲上图中显示的所有代码复制到配置文件中，并保存退出，就添加成功了
#当然还有一种情况，是提示不存在你要打开的文件，那么此时是需要运行下面的命令，生成此文件。
conda config --set show_channel_urls yes 

此时，基本就可以正常使用我们的conda了，但是有时候还是会出现channels链接不上的情况，一个小技巧，就是删掉每个网址前缀中https中的“s”就好了。

先安装一下最新版本的R

conda官网（https://anaconda.org/conda-forge/r-base）中已经支持下载最新版本的R4.1.0了，同时附上了利用conda安装R的代码。

但是在此之前，我们需要先创建一个R的环境。

#conda查看所有已经创建的环境
conda info --envs
#创建r4-base的环境，这个环境名可以随意设置，R4.1.0也是可以的
conda create -n r4-base
#激活r4-base的环境，每次打开之后如果要加载安装的R都要激活一次环境
source activate r4-base
#安装r-base
conda install -c conda-forge r-base
#退出当前环境
conda deactivate

安装R包，当然还是可以直接使用install.packaegs(“packages name”)

#R包通常需要以r-开头
conda install r-ggplot2

但是其实如果需要经常用到github上面的R包，那么安装devtools势在必行。
可以激活r4-base环境后，直接运行R。可以后续加入R --no-restore不读取上次存储的数据对象，这样打开速度会更快一些
之前的安装R的教程里面也提到了一些问题解决的办法，这里附上传送门：https://blog.csdn.net/rotator00cc/article/details/117219779
再加一句，conda很注意你自己所在的环境，如果讲有些包错安装到了base环境，这时候我们运行删除base又是不可能的，可以使用下面的命令让base回到最初的起点。

conda install --revision 0

祝大家科研工作顺利。