如何在Ubuntu上安装R以及Rstudio
如何在Ubuntu上安装R以及Rstudio
1.安装R
最开始,我是使用Conda安装的r-base。
conda install r-base
Proceed ([y]/n)? 选择y即可。等待安装完毕。
终端输入 R 即可进入R。
遇到问题,/home/linan/yes/lib/R/bin/exec/R: error while loading shared libraries: libgomp.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
安装libgomp1即可。需要在root下操作。
sudo apt install -y libgomp1
Crtl+D ##退出root
这下输入R就可以进入R啦。
退出R输入q()即可。
2.安装R-studio
官方下载https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download(根据自己版本自行选择)
下载完毕放置home/linan目录下。
输入sudo dpkg -i rstudio-2022.02.3-492-amd64.deb安装
遇到问题 如下dpkg: dependency problems prevent configuration of rstudio:rstudio depends on libssl-dev; however:
Package libssl-dev is not installed.rstudio depends on libclang-dev; however:Package libclang-dev is not installed.
rstudio depends on libxkbcommon-x11-0; however:Package libxkbcommon-x11-0 is not installed.
rstudio depends on libpq5; however:Package libpq5 is not installed.
如何解决呢?一行代码解决。sudo apt --fix-broken install或者sudo apt-get install -f
当然,有些同学安装报错,那么我们需要到root下操作。
sudo apt-get update ###更新库
sudo apt --fix-broken install ###缺啥补啥
sudo dpkg -i rstudio-2022.02.3-492-amd64.deb ###这次安装就不会报错啦
3.打开Rstudio
在终端输入rstudio即可进入。
又报错了,rstudio:error while loading shared libraries: libXcursor.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
怎么办呢?
使用sudo apt-get install libxcursor1安装即可
再次输入rstudio,再次报错!!!!rstudio: error while loading shared libraries: libXdamage.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
又怎么办呢?
此处推荐一个网站Ubuntu Repositories - pkgs.org
在该网站找到你需要的deb格式的对应文件,此处我们是libxdamage1_1.1.5-2_amd64.deb
找到它下载网址http://archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/libx/libxdamage/libxdamage1_1.1.5-2_amd64.deb
使用wget下载,wget http://archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/libx/libxdamage/libxdamage1_1.1.5-2_amd64.deb
下载完毕,需要放在home/linan目录下(默认就是该目录)。
安装,sudo dpkg -i libxdamage1_1.1.5-2_amd64.deb。
此时,再次输入rstudio,OK啦!!
4.在rstudio中安装R包
发现怎么安都安不上limma,Biocmanager等等任何包。
怎么回事呢?没有C++环境。
sudo apt-get install build-essential即可。
此时,可以安装包啦。
5.设置rstudio桌面快捷方式
自行找到rstudio.desktop,记住,不在主目录下!!
将它复制到桌面,右击,设置为可运行。
此处,遇到问题,双击打不开rstudio,因为找不到R的路径以及Module。
如何解决呢?我查看好多教程,没有合适解决方法(太菜了),最终使用conda卸载r-base,从R官方网站下载最新版本R。官网有教程。
然后,桌面快捷方式就可以设置啦!!
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