Linux+conda+R+Rstudio下载安装环境全方面配置

Linux-conda环境的全方面配置，重点考虑了R/Rstudio的操作，小白都能够理解的简单操作。

爱吃鱼子酱

9854人浏览 · 2022-07-13 10:37:00

爱吃鱼子酱 · 2022-07-13 10:37:00 发布

很多小伙伴不习惯在R中用到conda环境，其实这可能是因为你还没有使用到对环境有更高要求的包。

假如我们想安装R包A，它要求的R版本是4.3.0，但是你现在R版本是4.2.0，并且你其他的算法包都是根据4.2.0所创建的，那么就会造成这个包装不上的尴尬场景。此外，conda还能帮你解决安装R包时出现的各种系统错误（例如gcc版本等）

conda环境可以为每个项目创建一个单独的环境，刚开始用可能比较棘手，慢慢就会很节省时间了。🐖

废话不多说，直接开始安装Conda！

1.下载miniconda3 （ conda<miniconda3 < Anaconda3 ）

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

这个命令是在linux终端中输入的，miniconda3管理起来更方便，很推荐！⭐

2.安装miniconda3

sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

接下来会有一些回车（enter）或者需要选Y的，然后还有选择路径的，自己随意设置就行。

这两个命令就安装好conda了，然后我们需要先配置下镜像，这是为了方便我们下载R包。

3.配置conda镜像

我这里只给出了清华镜像，有需要的可以再百度下其他镜像。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

此外，我是做生信的，所以又添加了一些生信的镜像

conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

4.创建并进入conda环境

完成以上步骤后，我们就开始创建一个新的环境了

conda config --set auto_activate_base false
conda create -n my_env

这里 my_env 是我的新环境名，如果我们想在原有的环境基础上接着修改，可以用clone克隆的方式复制一个环境

conda create -n my_env --clone R_master

这里就是通过克隆环境R-master创建新环境 my_env。然后下一步如果我想对这个环境进行一些操作，比如删除包、安装包，就必须要进入这个环境了。

conda activate my_env

退出当前环境的命令是

conda deactivate

5. 在自己的环境下安装包（使用conda install）

这一节就是我们最关注的安装包了，也是我们整个实验的目的。

安装包的时候，通常有三种安装方式：

## 安装一般的软件
conda install 软件名字
conda install -c conda-forge 软件名字

## 安装CRAN中的R包
conda install r-包的名字

## 安装bioconductor中的R包
conda install bioconductor-包的名字

第一种是安装一般的软件，后面两种是安装 R包，不过这几种安装方式都比较慢（但是一般都能安装），并且也有可能出现系统错误。我建议通过 mamba 这个软件来安装R包。

6. 在自己的环境下安装包（使用mamba install）

## 安装mamba
conda install mamba

所有的conda命令都可以替换为mamba来执行，比如上面安装包的时候，可以替换如下：

## 安装一般的软件
mamba install 软件名字
mamba install -c conda-forge 软件名字

## 安装CRAN中的R包
mamba install r-包的名字

## 安装bioconductor中的R包
mamba install bioconductor-包的名字

7. 解决一些常见的小问题⭐⭐⭐

Q1. 在Rstudio中如何使用（切换）conda环境？

答：安装 conda 和 rstudio 后，我们可以通过切换conda启动项来决定是否启动conda环境和启用哪个conda环境。命令如下：

sudo vi /etc/rstudio/rserver.conf

大概这个样子的，然后你写上

rsession-which-r=/home/dell/miniconda3/envs/my_env/bin/R

这句话就是把miniconda3下的conda环境中的my_env环境作为启动项了，当然如果你什么都不写，就默认启动非conda下的R环境了。

注：vim写字板修改文字是先按下 i 然后再输入，输入后按下 ESC 然后 :wq! j就可以退出了。

切换完环境后，记得重启下rstudio

sudo rstudio-server status              #查看RStudio-server
sudo rstudio-server stop                #关闭RStudio-server
sudo rstudio-server restart             #重启RStudio-server